Metsätalouden osuus ihmistoiminnan vesistöihin aiheuttamasta typpikuormituksesta on n. 7 % ja fosforikuormituksesta n. 9 %. Useilla Itä- ja Pohjois-Suomen vesistöalueilla sekä eteläisen Suomen latva- ja pienvesissä metsätalous on merkittävin kuormituksen lähde. 1970- ja 1980-luvuilla uudisojitus ja soiden lannoitus olivat merkittävimmät vesistöjä kuormittavat metsätalouden toimet. Viimeisten vuosien aikana yhdeksi merkittävimmistä kuormittavista työmuodoista on noussut kunnostusojitus. Sen merkitys jatkunee myös lähivuosikymmeninä kun pyritään takaamaan metsänkasvu miljoonilla ojitetuilla suohehtaareilla. Vuosittain Suomessa kunnostusojitetaan noin 70 000 ha soita ja Kansallisen metsäohjelma 2010:n tavoitteena on nostaa kunnostusojitus runsaaseen 110 000 hehtaariin vuodessa. Kunnostusojitusten ohella päätehakkuista ja niistä seuraavista maanmuokkaustoimenpiteistä aiheutuu kuormitusta vesistöihin.

Metsissä tehtävillä toimenpiteillä vaikutetaan Kansallisen metsäohjelman tavoitteiden toteuttamisen lisäksi EU:n vesipolitiikan puitedirektiivin tavoitteiden toteutumiseen. Valtioneuvostossa on valmisteilla on "Vesiensuojelun suuntaviivat 2015" -periaatepäätös, jossa asetetaan vesienhoitolakiin perustuen valtakunnalliset tavoitteet vesien hyvän tilan saavuttamisesta ja turvaamisesta vuoteen 2015. Tulossa on uusia haasteita metsätalouden vesiensuojelulle. Tavoitteeksi esitetään suoja- ja suotautumisvyöhykkeiden käytön lisäämistä, valuma-aluetason suunnittelua, vesiensuojelutoimenpidesuositusten toimeenpanon tehostamista ja vaikutusten seurannan ja arviointimenetelmien kehittämistä.